Nascuta din MotoGP
Cea mai mare noutate a lui R1 2009 o reprezinta noul motor cu 4 cilindri in linie de 998cc, construit in urma experientei de la motorul prototipului YZR-M1 din MotoGP. Crossplane Technology de la Yamaha reprezinta un design revolutionar al constructiei arborelui cotit, pozitionand un maneton fata de urmatorul la 90 de grade, insemnand ca succesiunea curselor utile, sau ordinea de aprindere, incepand cu primul cilindru, are loc la 270°- 180°- 90°- 180°.
Noua tehnologie a fost testata cu succes pe Yamaha M1 in MotoGP si ofera o livrare mai lina a puterii catre roata dar si un cuplu motor extraordinar.